El Cementerio Sacramental de San Isidro, de la Pontificia y Real Archicofradía Sacramental, fue construido tras la prohibición de inhumaciones en iglesias decretada por Carlos III en 1787 por razones sanitarias. Su edificación fue autorizada por José Bonaparte en 1811 y ratificada por Fernando VII en 1814. Se ubicó en el Cerro de las Ánimas, junto a la ermita y fuente de San Isidro Labrador.
El primer patio, San Pedro, diseñado por José Llorente, fue inaugurado en julio de 1811 con la bendición de D. Rafael Isidoro de Hervias. Ante el crecimiento de inhumaciones, se añadieron el patio de San Andrés en 1832 y el de San Isidro en 1842, diseñado por José Alejandro Álvarez. Estos espacios, con arquitectura claustral, reflejan el estilo tradicional madrileño.
En 1852, Francisco Enríquez Ferrer proyectó el patio de la Purísima Concepción, finalizado ochenta años después. Su diseño romántico integraba vegetación, destacando un cipresal bicentenario, y atrajo a la aristocracia para edificar panteones suntuosos.
En 1980, se realizó una permuta de terrenos con el Ayuntamiento de Madrid para urbanizar la zona y ampliar el cementerio. La necrópolis ocupa 120.000 m² y combina patios históricos con elementos arquitectónicos y escultóricos reconocidos como BIC y Cementerio Histórico por su valor artístico y paisajístico.
La Junta de Gobierno gestiona el mantenimiento y restauración del patrimonio funerario, incentivando a las familias propietarias a proteger sus monumentos.
